پژوهشگاه دانش‌های بنیادی طبق گزارش شپرینگر نیچر در سال ۲۰۱۷ در میان ۵۰۰ موسسه برتر جهان در رتبه‌بندی موسسه‌های آکادمیک «نیچر ایندکس» قرار گرفت.روابط عمومی وزارت علوم اعلام کرد : تنها موسسه ایرانی، پژوهشگاه دانش‌های بنیادی است که توانسته است در لیست نهایی رتبه‌بندی «نیچر ایندکس» در جایگاه 474 جهان قرار گیرد.
سالانه «نیچر ایندکس» رتبه‌بندی موسسات در سراسر جهان را بر پایه دستاوردهای علمی این افراد در سال 1395 که کیفیت خوبی دارند انجام می پذیرد. این درجه بندی بر اساس بخش محدودی از دستاوردهای پژوهشی موسسات صورت میگیرد و برای درک و شناخت بهتر جایگاه موسسه‌ها باید نظام‌های رتبه‌بندی دیگر نیز بررسی شوند.
این موسسه با شمارش شمار مقاله‌های پدیدآوران در نشریه‌های نمایه‌شده‌اش، بر پایه سه فاکتور کلیدی شمار مقاله‌ها (AC)، شمار کسری (FC)، و شمار کسری وزنی (WFC) امکان رتبه‌بندی موسسه‌ها را فراهم مینماید.
- شمار مقاله‌ها یعنی شمار مقاله‌های منتشر شده در نشریه‌ها بدون توجه به شمار پدیدآوران
- شمار کسری سهم مشارکت هر پدیدآور در نگارش یک مقاله را محاسبه مینماید، کل امتیاز شمار کسری یک مقاله برابر با یک است، یعنی اگر 10 نفر در نگارش یک مقاله شرکت داشته باشند شمار کسری هر پدیدآور برابر با یک دهم است
- شمار کسری وزنی به شمار کسری وزن اختصاص دارد شمار کسری وزنی ویرایش اصلاح‌شده شمار کسری است.
در بخش های ستاره‌شناسی و اخترفیزیک به دلیل آنکه حجم انتشارات نسبت به دیگر بخش ها در نمایه «نیچر» بیشتر است، به انتشارات این بخش وزن داده می‌شود تا تأثیرشان کمتر گردد. در سال 2017 مقاله‌های منتشره در سال 2016 در نزدیک به 70 نشریه برتر در حوزه‌های شیمی، علوم محیط و زمین‌شناسی، علوم زیستی و علوم فیزیک شمارش و ارزیابی شده‌اند.